На главную страницу

Матрицы весов аминокислотных замен

Матрицы весов аминокислотных замен

 Описание блока:
Идентификатор -IPB004565C;
Количество последовательностей - 44;
Ширина - 39;

Ссылка на веб-страницу блока

                                                                                                                                                                                                                 
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0                        
L O L B _ A C T A C   :   L A V L F L T A C V W Q Q H F T Q L K Q I Q G Y P A L G Q L G Y I S S K E R F S T R F D W Q Y N I S D N K G R Q R S A A D A K M L L R E I I G M D F P L E Q F A F W L K G Q P   :   8 7
L O L B _ B O R B R   :   L L L A V L A G C V M A G A G E D V F S R V G R F A I T V T E S D G K Q Q A V Q G G F A W R D D L T R A N G E R L A A E H P D A L A E D A L G S P V P V T G L R D W L R G R L   :   8 7
L O L B _ B O R P A   :   L L L A V L A G C V M A G A G E D V F S R V G R F A I T V T E S D G K Q Q A V Q G G F A W R D D L T R A N G E R L A A E H P D A L A E D A L G S P V P V T G L R D W L R G R L   :   8 7
L O L B _ B O R P E   :   L L L A V L A G C V M A G A G E D V F S R V G R F A I T V T E S D G K Q Q A V Q G G F A W R D D L T R A N G E R L A A E H P D A L A E D A L G S P V P V T G L R D W L R G R L   :   8 7
L O L B _ C H R V O   :   S L A L L L A G C A R P K P A L E S A A D A P F S V S G R L S A N L D G K G H V A N F D W R H L T L L A D G K R W Q A D D V E S L T R Q V M G W P L P L S N L V W W I R G L P   :   8 7
L O L B _ C O X B U   :   L S A L L I S G C T W A Q R Y Y D L S R I S Q W N I D G A F S I Q Q P G K T I I A A Y D W Q Q K L W R S P R Q H Y T A S T P E Q L M Q Q Q L G W Q L P L S N L Y Y W I R G I P   :   8 7
L O L B _ E C O 5 7   :   L A A L V L T A C S W R Q H Q Q D V R N L N Q Y Q T R G A F A Y I S D Q Q K V Y A R F F W Q Q T L V D N K G Q R Y T A D D A E E M I G K L T G M P I P L N S L R Q W I L G L P   :   8 7
L O L B _ E C O L 6   :   L A A L V L T A C S W R Q H Q Q D V R N L N Q Y Q T R G A F A Y I S D Q Q K V Y A R F F W Q Q T L V D N K G Q R Y T S D D A E E M I G K L T G M P I P L N S L R Q W I L G L P   :   8 7
L O L B _ E C O L I   :   L A A L V L T A C S W R Q H Q Q D V R N L N Q Y Q T R G A F A Y I S D Q Q K V Y A R F F W Q Q T L V D N K G Q R Y T A D D A E E M I G K L T G M P I P L N S L R Q W I L G L P   :   8 7
L O L B _ H A E D U   :   L M A M A L S G C N W Q Q H L K Q L A E I K N Y E V K G Q F G Y I S P T E R F S A H F D W Q Y K V S D S E G Y S R T E A D I H A L M Q E I I G V S F P I D Q F A Y W V K G Q P   :   8 7
L O L B _ H A E I N   :   F A T A I L T A C T W Q Q H L Q K I Q K I Q S Y Q A K G Q I G Y I S P T E R F S S R F E W Q Y Q I S D N N G N Q Q S A A N S K L L L Q E I I G M D V P L E H L A Y W L K G Q P   :   8 7
L O L B _ N E I M A   :   S V I L L L T A C A N E N L W Q P S E H T R S F T A E G R L A V K A E G K G S Y A N F D W T Y Q A V D G K G N V Y Q A E S A E E L S R Q L V G F K L P I Q Y L H I W A D G R P   :   8 7
L O L B _ N E I M B   :   S V I L L L T A C A N E N L W Q P S E H I S S F A A E G R L A V K A E G K G S Y A N F D W T Y Q A V D G K G N V Y Q A E S A E E L S R Q L V G F K L P I Q Y L H I W A D G R R   :   8 7
L O L B _ N I T E U   :   G I L L V L V G C A Q P V Q E Q A D I A N E P F V L T G R L A V N A R Q H R F S G G I R W Q H T L V T S E P A I Y R A Q N A E Y L T S Q V L G W E L P L A G M R F W V R G T H   :   8 7
L O L B _ P A S M U   :   I A S F F L F A C T W Q Q H L S Q L K K I R D Y T N Q G Q L G Y I S Q K E R F S T R F D W Q Y Q L S D N K G P L R S A Q D A K R L L K E I V G M D L P L D Q F A L W L K G Q P   :   8 7
L O L B _ P H O L L   :   S C V L L L T A C T W R A H T Q Q L Q Q L N Q Y Q T R G S F A Y L S N E K K V Y A R F F W Q Q Y L T D S Q G K K Y F S D N P E E I I Y Q F T N M D I P L D N L R H W I T G L P   :   8 7
L O L B _ P S E A E   :   S A L A L L S G C A W K T H K Q Q L S E L D A W Q I D G K V G I R A P R D S G S G T L F W L Q R L E V A G Q G R Y Q A E S P E A L L E E Q L G W R L P V S H L L W W V R G L P   :   8 7
L O L B _ P S E P K   :   T L I A L L A G C A W R A H K A Q L S S L D G W Q I N G K V G I R A P R D S G S G T L F W L Q R L E V A N Q G R Y E A T S P E A L L E E Q L G W Q L P V S H L V W W V R G L P   :   8 7
L O L B _ P S E S M   :   S F I A L L A G C A W R E H K Q Q L S S L D G W Q I N G K V G I R A P K D S G S G T L F W L Q R L E V A N Q G R Y E A P T P E T L L Q D Q L G W K L P V S H L V W W V R G L P   :   8 7
L O L B _ R A L S O   :   V A C A L L A G C A G T Q D G D A T I T R Y Q G R F S A R Y V Q D D A Q Q S A V G S F L W R E R L E L P N Q P P R R A A E V D T L M Q D A L G F S L P V S G L R D W L R A R P   :   8 7
L O L B _ S A L T I   :   L A S L V L T A C T W R Q H Q Q E V R H L N Q Y Q T R G A F A Y I S D D Q K V Y A R F F W Q Q T L V D N K G Q R Y T A D D A E E M I G K L T G M P I P L N S L R Q W I L G L P   :   8 7
L O L B _ S A L T Y   :   L A S L V L T A C T W R Q H Q Q E V R H L N Q Y Q T R G A F A Y I S D D Q K V Y A R F F W Q Q T L V D N K G Q R Y T A D D A E E M I G K L T G M P I P L N S L R Q W I L G L P   :   8 7
L O L B _ S H E O N   :   S G L L F L G G C E S P I T V D N A A Q A K A W E L Q G K L A I R T P E D K L S A N L Y W R H S H L H I D G K D F R D T N A Q A L L E R V S G W S I P I N D L P L W I T G Q I   :   8 7
L O L B _ S H I F L   :   L A A L V L T A C S W R Q H Q Q D V R N L N Q Y Q T R G A F A Y I S D Q Q K V Y A R F F W Q Q T L V D N K G Q R Y T A D D A E E M I G K L T G M P I P L N S L R Q W I L G L P   :   8 7
L O L B _ V I B C H   :   A S L L L L A G C A W Q S H Q V T L E Q I Q H Y Q L T G K L G Y I A P D Q R Q S F N F Q W Q K S V E T Y D D Q I Y R D Q D A Q S L I R N L T G L D I P V E Q L E D W I L G L P   :   8 7
L O L B _ V I B P A   :   L S S L I L A G C S W Q A H E Q R L E T I H D F Q A T G K L G Y I G P D Q R Q S L N F F W K H S V E T Y D D Q V L S A R N A N Q L I Y R L T G L M M P V D H M P D W L L G L P   :   8 7
L O L B _ V I B V U   :   L L P L F M V G C T W Q S H Q A K L S Q I Q S F Q A V G K L G Y M S P D Q R Q N L N F Y W K H S V E T Y D D Q I L T A A N A T A L V Q Q L T G L V I P V E Q L S D W I I G L P   :   8 7
L O L B _ V I B V Y   :   L L P L F M V G C T W Q S H Q A K L S Q I Q S F Q A V G K L G Y I S P D Q R Q N L N F Y W K H S V E T Y D D Q I L T A A N A T A L V Q Q L T G L V I P V E Q L S D W I I G L P   :   8 7
L O L B _ X A N A C   :   L V L A G L S A C V E A A R Q A W L Q A H P H W S F Q G R V A I S K D R N G G S G R I D W Q Q D L E G L E G G P R S G P D A E Q V L L E A T G W T I P V N Q M P D W V R A L R   :   8 7
L O L B _ X A N C P   :   L A L A G L S G C V E T A R Q A W L Q A H P A W S F Q G R V A I S K G R D G G S G R L D W Q Q D L E G L D G G P R A G A D A E Q V L L E A T G W T I P V N Q M P D W V R A L R   :   8 7
L O L B _ X Y L F A   :   V V S F L L P G C S E Q A R Q T W L Q E H P N W G F H G R A A I S Q G R D G G S V R V E W E Q H L E G V G G W V R V G E V A E Q V L F E A T G W Q V P M G L L P D W V R G R N   :   8 7
L O L B _ X Y L F T   :   A V S F L L P G C S E Q A R Q T W L Q E H P N W S F Y G R A A I R Q G S D G G S V R V E W E Q H L E G V G G W V R V G E V A E Q V L F E A T G W Q V P M G L L P D W V R G R N   :   8 7
L O L B _ Y E R P E   :   L A S L L L A A C T W R Q H E Q Q L Q Q L G Q F E T R G A F A Y L S D K Q K V Y A R F F W Q Q T L T D N Q G K R Y V S D D P Q E M I Q K L T G M S I P L E S L R Q W I L G L P   :   8 7
Q 5 W Y Z 5 | 1 0     :   I L I C F L T A C A L E E R K A E T A T V S S W E I K G A L A A K T K A K G W S A T M N W V Q Q T F Q D G S K I T T S T N A D E L L L K Q T G I R L P V N N L Y Y W V R G L P   :   8 7
Q 5 X 7 J 7 | 1 0     :   I L I C F L T A C A L E E R K A E T A T V S S W E I K G A L A A K T K A K G W S A T M N W V Q Q T F Q D G S K I T T S T N A D E L L L K Q T G I R L P V N N L Y Y W V R G L P   :   8 7
Q 5 Z Y 2 7 | 1 0     :   I L I C F L T A C A L E E R K A E T A T V S S W E I K G A L A A K T K A K G W S A T M N W V Q Q T F Q D G A K I T T S T N A D E L L L K Q T G I R L P V N N L Y Y W V R G L P   :   8 7
Q 6 0 A 1 8 | 1 6     :   A A A T S L Q G C G G M P G S V R L A G L E R W R L E G R V A V Q T A D D A W Q A S L S W D H D V N E G N G N E S I S R D P E G L L K E K L G F S I P L P S L R Y W V L G V A   :   8 7
Q 6 2 F C 5 | 2 2     :   A A A V L L G A C A D A R Q T E Q N R A Y T G R F A V Q Y Q D P L G N P R N V Y G N F D W Q E Q L E L P N R Q P Q F A P D V G E L M Q R A L G F A L P L D G L R Y W L L P T P   :   8 7
Q 6 3 X L 6 | 2 2     :   A A A V L L G A C A D A R Q T E Q N R A Y T G R F A V Q Y Q D P L G N P R N V Y G N F D W Q E Q L E L P N R Q P Q F A P D V G E L M Q R A L G F A L P L D G L R Y W L L P T P   :   8 7
Q 6 5 S B 9 | 1 2     :   V A G F I L T A C S W Q Q H L K Q I K Q I Q H Y S S Q G Q I G Y I S S K E R F S S R F E W N Y A I S D N K G N R R S E A D A K A L V R E I I G M D V P L E Q F A Y W L K G Q P   :   8 7
Q 6 6 A X 7 | 1 4     :   L A S L L L A A C T W R Q H E Q Q L Q Q L G Q F E T R G A F A Y L S D K Q K V Y A R F F W Q Q T L T D N Q G K R Y V S D D P Q E M I Q K L T G M S I P L E S L R Q W I L G L P   :   8 7
Q 6 D 5 5 3 | 1 4     :   L A S L L L A A C S W Q K H Q Q K V Q Q L T Q Y Q T R G A F A Y I S D S K R V S A N F F W Q D T I T D N Q G K R Y V G K D A E Y M I Q Q L T G M A I P L N N L R Q W I L G I P   :   8 7
Q 6 F 8 J 1 | 1 4     :   T S A L L F S G C Q S A P S T A Q A E Q P N E F D L Q G K I G V R T P Q Q S G S A F F T W S Q H L N S A K T G L I T A S S P E E L L K R A T G W D A P I T H I V S W V Q A K P   :   8 7
Q 6 L N B 2 | 3 4     :   L F L S L L T G C A W V T H E K A L E N L S R Y D A K G K L G Y K A P K L R F G G N M I W Q T T L V D Y D G K Q H S G A N A S E L V R E L T G I N L P I E Q M R D W L I G L P   :   8 7
                                    6     C                             5       G                                 W       6         g         a     a     6 6         G     6 P 6     6     W 6   G   p          

Розовым выделены столбцы с консервативностью аминокислот большей 80% Зеленым указаны столбцы со средней консервативностью аминокислот (свыше 60%), сиреневым выделены столбцы с консервативностью аминокислот большей 40%. Голубым выделены столбцы с консервативностью менее 40%.

Веса аминокислотных замен

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока IPB004565C из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот n(αβ) p(αβ) q(α) q(β) s(αβ)
Met-Met 68 0,002 0,02180,02184
Met-Leu 644 0,01860,02180,0023
Met-Glu 19 0,00050,02180,002-5
В приведенной таблице n(??) представляет собой число совпадений данной пары аминокислот в выборке блоков белков, родственных с LOLB_ECOLI. P(??) есть отношение этого числа к общему количеству всевозможных пар аминокислот. Величины q(?) и q(?) представляют собой частоты встречаемости, соответственно, первой и второй аминокислот в парах.Последний столбец представляет собой вес указанной аминокислотной замены.

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот n(αβ) p(αβ) q(α) q(β) s(αβ)
Met-Met 464305 0,002 0,02000,02005
Met-Leu13269400,0058 0,02000,09051
Met-Glu 431175 0,00190,02000,0567-1

Сравнение весов аминокислотных замен

Пара аминокислот Блок IPB004565C 200 блоков BLOSUM62
Met-Met 4 5 5
Met-Leu31 2
Met-Glu -5 -1-2